中国科学院生态环境研究中心合作交流根据2021年9月官网显示，中国科学院生态环境研究中心分别与美国、德国、日本、英国、加拿大、瑞士、瑞典、荷兰和澳大利亚等国的有关大学和研究所建立了科研合作关系，共建联合研究所和实验室，进行学术交流和联合培养研究生

中心科研人员多人次在国际组织、专业委员会和国际期刊中任职

依托生态环境中心建设有联合国环境规划署持久性有机污染物分析示范实验室、住房和城乡建设部农村污水处理技术北方研究中心

生态环境中心与南澳大利亚水务公司共建国际水科学技术中心、与挪威共建中-挪环境综合研究中心、与横滨国立大学联合共建亚洲国际生态环境安全管理中国联合研究中心、与中国节能投资公司共建中环水务-生态环境中心联合研发基地、与盐城共建先进环保技术研究院

根据2021年9月官网显示，中国科学院生态环境研究中心是中国生态学学会、国际环境问题科学委员会中国委员会的挂靠单位

国际刊物Environmental Science & Technology Asian office、国际水协会IWA Beijing office、国际环境问题科学委员会SCOPE Beijing office设在生态环境中心

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