中国科学院上海微系统与信息技术研究所科研部门根据2016年1月研究所官网显示，中国科学院上海微系统与信息技术研究所有8个研究室，6个分支机构（共建机构） ，研究所有国家重点实验室2个，中科院重点实验室2个
国家重点实验室：传感技术联合国家重点实验室/微系统技术重点实验室、信息功能材料国家重点实验室 中科院重点实验室：中科院无线传感网与通信重点实验室、中科院太赫兹固态技术重点实验室 分支机构（共建机构） 中科院嘉兴无线传感网工程中心中科院南京宽带无线移动通信研发中心中科院杭州射频识别技术研发中心中科院南通光电工程中心中科院嘉兴轻合金技术工程中心上海无线通讯研究中心资料来源：
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