中国科学院上海有机化学研究所设施资源设备设施质谱组：付里叶变换质谱仪FTMS-7，0、液相-质谱联用仪1100-MSD、飞行时间质谱仪GCT、付里叶变换质谱仪FTMS-7，0、基质辅助激光解离飞行时间质谱仪、，付里叶变换质谱仪IonSpec4，7T、气/质联用仪Agilent7890A/5973N、气相色谱/质/质谱联用仪VARIAN 4000、高分辨气/质联用仪Premier CAB088
色谱组：可进行有机化合物定量分析、手性化合物拆分、无机阴离子定量分析
光谱组：主要从事化合物的红外光谱，分子结构鉴定，成分剖析，微量测试及有关测试新技术的研究适用范围
核磁组：核磁共振仪器（Varian 400MR、DRX 400、Bruker AV500）
元素组：元素分析仪、超微量电子天平微量电子天平、Prodigy全谱直读ICP发射光谱仪、原子吸收光谱分析仪、实用型库仑法卡氏水分测定仪、扩展型容量法水分测定仪、熔点仪，另有粘度、pH计、折光率及其他物化参数测定的设备等
馆藏资源据2019年2月该所官网显示，有机所图书馆馆藏书刊15余万册，馆舍面积约1500平方米，收藏有完整的有机化学核心期刊，光谱文献是该馆的特藏，几乎全部馆藏了世界主要国家化学会（如：美国化学会、英国皇家化学会等）的出版物，收藏文献最早可追溯至1832年，增订了网络版全文期刊数据库，并购买了如：SciFinder， Beilstein CrossFire， CA on CD， CCI， CCD， Pharmprojects， ACD等一系列光盘和数据库产品，范围涉及文献检索、化学反应、化合物、事实数据、市场信息等
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