中国医学科学院药物研究所合作交流根据2019年3月研究所官网显示，中国中医科学院药物研究所与中国国内及美国、法国、日本、德国、西班牙、加拿大、沙特阿拉伯等国家和地区的制药公司、大学、科研机构、全球非营利性组织建立了协作关系，进行着科技合作和学术交流
自1989年开始，药物所还与新疆维吾尔自治区药物研究所（简称新疆药物所）建立了横向合作关系，新疆药物所挂牌为“中国医学科学院药物研究所新疆分所”
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