中国农业科学院植物保护研究所科研部门据2016年11月研究所官网显示，研究所设有7个研究室，拥有1个国家农业生物安全科学中心、1个国家重点实验室、2个农业部重点实验室、3个中国农业科学院重点实验室、2个联合实验室、2个农业部监督检验测试中心，8个野外科学观测实验室站、1个农业部外来入侵生物预防与控制中心等

研究所是中国植物保护学会的挂靠单位

  国家重点实验室：植物病虫害生物学国家重点实验室 农业部重点实验室：农业部作物有害生物综合治理重点实验室、农业部农产品质量安全生物性危害因子风险评估实验室 中国农业科学院重点实验室：中国农业科学院生物防治重点开放实验室、中国农业科学院农药化学及应用重点开放实验室、中国农业科学院杂草鼠害生物学与综合治理重点开放实验室 联合实验室：MOA-CABI生物安全联合实验室、中美生物防治合作实验室 农业部监督检验测试中心：农业部转基因植物环境安全监督检验测试中心（北京）、农业部植物抗病虫性及农药质量监督检验测试中心（北京） 野外科学观测实验室站：农业部廊坊作物有害生物科学观测实验站、农业部锡林郭勒草原有害生物科学观测实验站、农业部桂林作物有害生物科学观测实验站、中国农业科学院新乡有害生物防治野外科学观测试验站、中国农业科学院天水有害生物防治野外科学观测试验站、长岛有害生物防治野外科学观测试验站、新疆库尔勒有害生物防治野外科学观测试验站、吉林公主岭有害生物防治野外科学观测试验站 研究室：植物病害研究室、农业昆虫研究室、农药研究室、生物防治研究室、植保生物技术研究室、生物入侵研究室、杂草鼠害与草地植保研究室 

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