中国农业科学院植物保护研究所开拓发展1979年，经国务院批准，植保所重新回迁北京原址，恢复建制
年底，植保所下放河南新乡（病虫害部分）与下放重庆北碚（农药部分）的两地人员返回北京，开始恢复重建；同年中国农科院生物防治研究室成立
1989年，原子能所微生物室划归本所
1990年，中国农业科学院生物防治研究所成立
1992年、1996年，植保所在农业部组织的“全国农业科研机构科研开发能力综合评估”活动中，两次获得榜首，并获得“全国农业基础研究十强研究所”称号
1992年，承担的“植物病虫害生物学国家重点实验室”正式对国内外开放运行
2006年，农业环境与可持续发展研究所生物防治学科整体并入植保所科研创新体系
2013年，设施先进、功能配套的1.6万平方米国家农业生物安全中心开始运行
同年入选中国农业科学院科技创新工程第一批试点研究所
2014年，研究所新增作物线虫病害流行和防控和天然产物农药生物合成与调控机理两个创新团队
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