中国农业科学院果树研究所学科建设截至2012年12月，研究所拥有学术学位二级学科博士点1个、学术学位二级学科硕士点4个、专业学位硕士点1个；设有果树种质资源与育种、果树栽培与生理、果树病虫害防治、果品贮藏与加工、果品质量安全等学科
学术学位二级学科博士点：果树学学术学位二级学科硕士点：农产品加工及贮藏工程、果树学、植物病理学、农业昆虫与害虫防治专业学位硕士授权类别：园艺
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