中国农业科学院农业资源与农业区划研究所科研部门截至2015年3月底，中国农业科学院农业资源与农业区划研究所下设25个机构，有国家工程实验室1个，部级重点实验室5个 ，院级重点实验室3个 ，野外台站9个，试验协作网3个，菌种保藏库1个，肥料质检中心2个，卫星地面接收站1个

  国家工程实验室：耕地培育技术国家工程实验室 部级重点实验室：农业部农业微生物资源收集与保藏重点实验室、农业部面源污染控制重点实验室、农业部植物营养与肥料重点实验室、农业部农业信息技术重点实验室、农业部资源遥感与数字农业重点开放实验室   农业部农产品质量安全风险评估实验室：农业部微生物产品质量安全风险评估实验室（北京） 院级重点开放实验室：中国农业科学院植物营养与养分循环重点开放实验室、中国农业科学院资源遥感与数字农业重点开放实验室、中国农业科学院土壤质量重点开放实验室 野外台站：湖南祁阳农田生态系统国家野外科学观测研究站农业部昌平潮褐土生态环境重点野外科学观测试验站呼伦贝尔草原生态系统国家野外科学观测研究站农业部洛阳旱地农业重点野外科学观测试验站国家土壤肥力与肥料效益监测站网廊坊实验基地农业部德州农业资源与生态环境重点野外科学观测试验站密云科学试验站农业部迁西燕山生态环境重点野外科学观测试验站资料来源： 菌种保藏库：中国农业微生物菌种保藏管理中心 

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