中国农业科学院兰州兽医研究所研究部门据2017年11月研究所官网显示，兰州兽医研究所设立有7个国家、部委重点实验室及检测中心，研究室5个，是国家菌种保藏口蹄疫病毒和血液原虫保藏分中心；拥有P3实验室、P3级大型和中型动物实验室以及GMP中试基地等基础设施
国家重点实验室：家畜疫病病原生物学国家重点实验室国家参考实验室：国家口蹄疫参考实验室农业部重点实验室：农业部动物病原生物学重点实验室（学科群综合实验室）世界动物卫生组织参考实验室：世界动物卫生组织口蹄疫参考实验室、世界动物卫生组织羊泰勒虫病参考实验室甘肃省重点实验室：甘肃省动物寄生虫病重点实验室甘肃省工程技术研究中心：甘肃省生物检测工程技术研究中心研究所研究室：口蹄疫病研究室、家畜寄生虫病研究室、家畜传染病研究室、人兽共患病研究室、禽病研究室
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