中国农业科学院农产品加工研究所科研部门截至2015年3月，农产品加工研究所共有1个国家技术研发中心、1个农业部重点实验室、1个农业部质量安全风险评估实验室、1个农业部实验室、1个农业部质量监督检验测试中心、3个研究所实验室、9个研究所研究室、3个研究所开发机构、8个农产品加工科技国际合作平台

 研究所是中国优质农产品开发服务协会农产品加工分会会长单位，是中国淀粉工业协会甘薯淀粉专业委员会、中国菌物学会真菌毒素专业委员会、中国农学会农产品贮藏加工分会农业生物毒素专业委员会的依托单位

 国家技术研发中心：国家农产品加工技术研发中心农业部重点实验室：农业部农产品加工重点实验室农业部质量安全风险评估实验室：农业部农产品加工质量安全风险评估实验室（北京）农业部实验室：农业部农药登记农产品加工残留实验室 农业部质量监督检验测试中心：农业部农产加工品质量监督检验测试中心（北京）研究所实验室：粮油加工综合利用技术集成实验室、中式肉类菜肴制品加工技术集成实验室、薯类主粮化加工技术集成实验室研究所研究室：粮油加工研究室、畜产加工研究室、传统食品与装备研究室、果蔬加工研究室、保鲜与物流研究室、质量与生物安全研究室、营养健康与功能食品研究室、生物制造与食品工厂研究室、产业政策与战略研究室 研究所开发机构：北京中农加科技发展有限公司、物业中心、中国农业辐照中心 农产品加工科技国际合作平台：中-阿食品科学与技术中心、中-美农产品加工联合研究中心 、中-德农产品加工联合研究中心、中-英肉品科学联合研究中心、中-意真菌毒素联合研究中心、中-日食品工程联合实验室、中-加多糖联合研究中心、中-美马赛诸塞大学联合研究中心

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