中国农业科学院农业环境与可持续发展研究所科研部门截至2013年10月，研究所拥有6个研究室、2个国家级平台、6个部级平台、1个第三方认证实验室、5个国际合作平台、9个院级农业环境野外科学观测试验站、6个院级中心
国家级平台：中日农业技术研究发展中心、作物高效用水国家工程实验室 部级平台：农业部农业环境重点实验室、旱作节水农业重点实验室、设施农业节能减排与养殖废弃物处理重点实验室、寿阳农业环境科学观测试验站、岳阳农业环境科学观测试验站、畜牧环境设施设备质量监督检验测试中心 国际合作平台：中美农业环境中心、CGIAR联合实验室、IAEA联合实验室等 院级农业环境野外科学观测试验站：西藏那曲、北京顺义等 院级中心：农业与气候变化、农业立体污染防治与产地环境质量、设施农业环境工程、节水农业、农业纳米、农业环境控制 研究所研究室：气候变化研究室、农业减灾研究室、旱作节水研究室、环境工程研究室、环境修复研究室、生态安全研究室
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