中国农业科学院农业信息研究所科研部门据2017年1月研究所官网显示,研究所设22个处室,其中有6个研究室和信息分析评估室、食物与营养信息室、农业监测预警研究中心、数字图书馆研究与建设部等
建有金农工程农业科技数据分中心,1个农业部重点实验室、1个中国农业科学院重点开放实验室、1个中国农业科学院野外科学观测与试验站,另有3个学术学会挂靠研究所
农业部重点实验室:农业部农业信息服务技术重点实验室 中国农业科学院重点开放实验室:中国农业科学院智能化农业信息预警技术与系统重点开放实验室中国农业科学院野外科学观测与试验站:中国农业科学院信息农业野外科学观测与试验站 研究所研究室:智能农业技术研究室、多媒体技术研究室、网络技术研究室、知识工程研究室、数据库研究室、国际情报研究室 学术学会:中国农学会计算机农业应用分会、中国农学会农业图书馆分会、中国农学会科技情报分会 北京市工程技术研究中心:北京市农业监测预警工程技术研究中心
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