中国农业科学院郑州果树研究所科研部门据2018年8月中国农业科学院郑州果树研究所官网显示，研究所拥有10个研究中心、12个科技平台，在全中国布局建设10个试验站和100个成果示范基地
研究中心：果树种质改良研究中心、瓜类种质改良研究中心、果树瓜类栽培研究中心、果树瓜类植保研究中心、果品贮藏加工研究中心、果品质量检测研究中心、果树瓜类信息研究中心、果树脱毒种苗研究中心、园林植物研究发展中心科技平台：国家葡萄桃种质资源圃、国家西瓜甜瓜中期库、国家农作物种质资源平台瓜果子平台、国家瓜果改良中心、国家猕猴桃科技创新联盟、农业部果树育种技术重点实验室、农业部果品及苗木质量监督检验测试中心、河南省果树瓜类生物学重点实验室、国家外专局引智示范推广基地、中国-新西兰果树科学联合实验室、中国-西班牙果树科学与技术联合实验室、中国-保加利亚果树生物学联合实验室
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