中国农业科学院郑州果树研究所科研成果据2018年8月中国农业科学院郑州果树研究所官网显示，研究所共取得各类科研成果207项，其中10项成果获国家级科技奖励，95项成果获得省部级奖励，培育并通过省级以上审定的果树瓜类新品种209个，其中国审（鉴）品种38个
2017年研究所获省部级奖励6项；审定新品种24个，增长20%；获新品种权14项，增长100%；获专利17项，增长55%；发表论文122篇，其中SCI论文增长53%，高影响因子（IF>3）论文9篇；出版著作20部；获软件著作权39项
2022年11月，中国农业科学院郑州果树研究所西瓜遗传育种与栽培创新团队联合国内高校，研究公布了首个完整的西瓜果实代谢组数据库，解析了西瓜演变史中口感风味驯化顺序和调控机制
相关研究成果发表在《中国科学·生命科学》上
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