中国农业科学院深圳农业基因组研究所科研成就综述据2018年8月基因组所官网显示，基因组所在Science、Nature 、Cell等顶级学术期刊上发表SCI论文100余篇，申请专利20余项，审定国审品种2个、省审品种6个；共获得各级科技经费超过2亿元，国家和省市级项目160余项，重大和重点项目20余项，国家级项目30余项

 2015年，该所职工以第一作者或通讯作者在SCI、EI、中文期刊累计发表文章共18篇

其中，院选顶尖SCI核心期刊3篇，院选核心SCI期刊12篇，中文期刊1篇，申请发明专利一项

 代表性成果熊国胜研究员和樊伟研究员为第一作者的成果入选科技部评选出的“2014年度中国科学十大进展”

2014年7月和9月，钱前、熊国胜研究员在水稻品质调控方面的研究取得了突破，文章先后发表在Nature Genetics和Molecular Plant上；黄三文研究员在黄瓜卷须发育的机制、番茄生物钟调控机制，为培育蔬菜新品种提供了指导；黎志康团队完成了3000份国际水稻资源的重测序的工作，完成2000份水稻导入系的SNP基因型鉴定及表型鉴定和1500份水稻核心种质基因组的生物信息分析；徐建龙团队培育的优质高产水稻新品种“广两优7203”已在试验基地进行示范种植，同时在广西、广东、湖北等地已开展示范种植展示，向周边省市进行推广；阮珏研究员的三代测序组装算法和樊伟研究员的变异检测算法也取得突破

 2023年2月，由中国农业科学院深圳农业基因组研究所动物功能基因组学创新团队联合北京畜牧兽医研究所等单位培育的中农巴马小型猪3个实验用小型猪专门化品系近日被认定为中国实验动物新资源，收录于国家实验动物模型资源信息平台

 2023年，中国农业科学院深圳农业基因组研究所联合国内科研单位成功开发新型DNA断裂检测技术（DEtail-seq）

利用此技术，研究人员成功绘制了酿酒酵母、小鼠和人类的减数分裂DNA双链断裂图谱

相关研究成果发表在《中国科学—生命科学（Science China-Life Sciences）》上

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