中国农业科学院都市农业研究所职能部门机构设置行政职能部门3个，包括：综合办公室、科技管理处、条件保障处
其中，综合办公室是研究所综合政务、文书档案、公共关系、信息化、人事、人才和党务工作的管理部门；科技管理处是研究所科研工作、国际合作交流、研究生教育、成果转化、产业孵化的管理部门；条件保障处是研究所财务、资产、基建、后勤保障的管理部门
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