商务部国际贸易经济合作研究院研究部门据2018年4月研究院官网显示，研究院设有17个研究所和数据中心（军民融合战略研究中心）、“一带一路”研究中心等研究部门
美洲与大洋洲研究所国际发展合作研究所（国际发展合作研究中心）亚洲研究所（沿边开发开放研究中心）产业国际化战略研究所（品牌建设与促进中心）西亚及非洲研究所（区域经济合作研究中心）流通与消费研究所（国内贸易研究中心）欧洲和欧亚研究所贸易与投资安全研究所（贸易投资风险评价中心）世界经济研究所（自贸区(FTA)研究中心）国际市场研究所对外贸易研究所（全球价值链研究中心）条约法规研究所国际服务贸易研究所信用研究所（信用评级与认证中心）外国投资研究所（跨国公司研究中心）电子商务研究所对外投资合作研究所（中国海外投资咨询中心）--------
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