上海市农业科学院科研部门截至2014年，农科院下设上海市农业科学院作物育种栽培研究所、上海市农业科学院林木果树研究所、上海市农业科学院设施园艺研究所、上海市农业科学院食用菌研究所、上海市农业科学院畜牧兽医研究所、上海市农业科学院生态环境保护研究所、上海市农业科学院农业科技信息研究所（数字农业工程与技术研究中心）、上海市农业科学院生物技术研究所、上海市农业科学院农产品质量标准与检测技术研究所、上海市农业生物基因中心等10个研究机构， 1个综合服务中心和1个综合试验站

拥有17个国家级和部级科技创新平台和成果转化平台，8个市级科技平台 

国家级和部级科技创新平台和成果转化平台：农业部转基因植物环境安全监督检验测试中心（上海）、中国微生物菌种保藏管理委员会农业微生物中心上海食用菌分中心、农业部食用菌产品质量监督检验测试中心（上海）、家蔬菜改良（上海）分中心、国家双低油菜原原种扩繁基地、农业部植物新品种测试（上海）分中心等

市级科技平台：上海市食用菌工程技术研究中心、上海市农业高新技术孵化园、上海市农业遗传育种重点实验室、上海市设施园艺技术重点实验室、上海市农业环境质量检测站等 

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