中国热带农业科学院热带生物技术研究所科研平台截至2017年11月，研究所设有种质与基因资源研究室、作物遗传改良研究室、微生物工程研究室、天然产物化学研究室、热带生物质能源研究室、甘蔗研究室、热带海洋生物资源利用研究室和转基因生物安全研究室等8个研究室

研究室下设若干研究组，形成“研究所—研究室—研究组”三级科研机构的管理模式

研究所拥有省部级等各类科研平台12个，其中包括部级平台2个、省级工程技术研究中心2个、省级重点实验室2个、国际联合实验室1个、市级重点实验室1个、院级研究中心3个和所企合作研究中心1个

部级平台（2个）：农业部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室、农业部转基因植物及植物用微生物环境安全监督检验测试中心（海口）

省级工程技术研究中心（2个）：海南省热带生物质能源工程技术研究中心、海南省沉香工程技术研究中心

省级重点实验室（2个）：海南省热带微生物资源重点实验室、海南省黎药天然产物研究与利用重点实验室

国际联合实验室（1个）：热带药用植物研究与利用国际联合实验室

市级重点实验室（1个）：海口市热带天然产物研究与利用重点实验室

院级研究中心（3个）：中国热带农业科学院热带海洋生物资源研究所、中国热带农业科学院甘蔗研究中心、中国热带农业科学院航天育种研究中心 

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