中国地震局地震预测研究所科研部门根据2018年11月研究所官网显示，中国地震局地震预测研究所共有科研单位11个，其中包含7个下属研究室、3个研究中心及1个实验基地
下属研究室（7个）：地球动力学与地震系统科学研究室、地震地质学与长期预测研究室、地震地球化学与中短期预测研究室、地震学研究室、地震大地测量学与中长期预测研究室、地球电磁学与短临预测研究室、遥感与地震灾害风险评估研究室下属研究中心（3个）：地震观测技术研究中心、地壳运动观测网络数据中心、计算与网络中心下属实验基地（1个）：十三陵地震科学观测实验基地
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