自然资源部第二海洋研究所硬件设施据2019年2月研究所官网资料显示，海洋二所购置或研制海洋专业仪器设备总值设备逾5亿元，包括深海多波束测深系统、自动升降式海水剖面观测系统、岩芯扫描分析仪等大型仪器设备30余台套
海洋二所在浙江临安建有占地80亩，总规模6万平方米，总投资2亿元的分析测试基地
与舟山市政府联合组建的“国海舟山海洋科技研发基地”，占地55亩，建筑面积4.2万平方米，占用岸线300米，建设5000吨级码头泊位2个
海洋二所通过事企联合建造了一条4500吨级的海洋综合科考船——向阳红10号，该船满足深海海洋科学多学科交叉研究需求，于2014年3月入列国家海洋调查船队
由海洋二所配建的“大洋号”大洋综合资源调查船于2018年11月在广州下水，该船隶属于中国大洋协会，是一艘集多学科、多功能、多技术手段为一体的新一代大洋综合资源调查船，将以二所舟山基地作为母港，由海洋二所运营
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