北京大学深圳研究生院学术研究作为国家创新型城市，深圳市政府大力支持北京大学深圳研究生院的科学研究，出资在深圳研究生院建设集成微系统科学工程与应用实验室，城市人居环境科学与技术实验室，化学基因组学实验室等三个国家级重点实验室，每个实验室由深圳市政府投入3000万人民币作为建设经费

集成微系统科学工程与应用实验室集成微系统科学工程与应用实验室立足于北京大学深圳研究生院信息工程学院，依托北京大学微电子研究院及北京大学微米纳米加工技术国家重点实验室而建立，实验室的研究领域总体定位在“微纳电子器件与集成技术、IP和SOC”三个层次，目标是面向国家和深圳IC产业，构建一个具有核心竞争力的研发平台

实验室在2009年深圳市重点实验室评估中获得优秀

化学基因组学实验室化学基因组学实验室隶属于化学生物学与生物技术学院，由生物、合成和计算化学领域优秀的专家组成极富竞争力的交叉学科科研团队，致力于抗病毒和抗肿瘤药物的研究，开发自主知识产权的技术和药物，并以交叉学科研究为特色培养生物医药研发的优秀人才，已经成功构建了合成化学、生物活性筛选、动物模型和生物技术等研究平台，在开展基础科学研究的同时积极为生物医药相关产业发展做出贡献

经过几年的努力，实验室在2007年获得广东省重点实验室建设项目立项，成为深圳市四家广东省重点实验室之一；2009年在深圳市重点实验室评估中获得优秀；2010年，成为省部共建国家重点实验室培育基地

城市人居环境科学与技术实验室城市人居环境科学与技术实验室分属于环境与能源学院和城市规划与设计学院，实验室立足深圳、辐射珠三角，开展居室、社区、城市区域三个层次的综合研究和技术开发，促进可持续人居环境的健康发展，实验室在深圳和珠三角地区开展了室内外大气环境和水环境污染成因及控制研究，在城市规划、生态规划、环境规划等方面取得显著成绩

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