五华书院书院主持书院的主持人称为山长，也是书院的主讲，出任五华书院的山长先后有25位（直至清末），都是中过举人进士、学识高深的、做过各级官员的名儒，如尹楚珍、刘寄庵、戴筠等人主持书院时五华书院最负盛名，办学也颇有成就
正由于此，山长的待遇优厚
山长每年束修为白银400两，另每月再发薪蔬银15两，米2京石，每逢节有6两的节仪银
而其它人员的薪俸就低得多
而五华书院正因为这一特点而历史悠久
五华书院虽系官办，但经费并不完全依赖于国家，五华书院购置有一定的田产，把每年的田租作为经费，同时又购置铺面数十间，公房四所，均坐落在省城的各街市，进行出租，没月收租金，年终可收200余两白银补充书院开支
五华书院从明一直办到清末光绪二十九年（公元1903年），书院被改为云南高等学堂为止，前后共历379年，是云南书院办得最长、历史最悠久、培养学子最多的一所书院
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