马歇尔计划款项偿还欧洲经济合作发展组织（Organization for European Economic Cooperation）在分配款项方面发挥了主导作用，此外这一组织还负责管理各国的商品流动

美国方面的供货商的货款由买家所在国的欧洲复兴计划基金（European Recovery Program Funds）用美元支付

不过欧洲的进口商并不无偿获得这些商品，他们还是要以当地货币支付货款（虽然这不必立即付清，可以采用信用支付等形式）

这笔款项随后就会被马歇尔计划的各参与国投入本国的对应基金，以供政府实施其进一步的投资计划

其实自从计划一开始，马歇尔计划的绝大多数参与国政府就已明白，他们永远不用向美国归还这笔对应基金的款项

最终这笔款项余额大多被编入本国的财政预算，然后从此“消失”

不过德国却是一个例外

与其他欧洲国家不同，一开始美国便规定德国必须在日后归还所有援助款项

不过在签订1953年的伦敦债务协定（London Debts Agreement）之后，德国须偿还的援助金额已被削减到了10亿美元

自1951年7月1日之后，德国从马歇尔计划中获得的援助共折合2.7亿美元，而他们只需向华盛顿的美国进出口银行（Export-Import Bank of the United States）偿还其中的1690万美元

事实上，在1953年之前德国政府都不清楚他们需要向美国偿还多少数目的款项

他们强调援助资金只以生息贷款（interest-bearing loans）的形式进入民间，因此，能够保证资产只增长而不缩水

同时，作为贷款方的银行要负责监察整个贷款程序

而这些来自于马歇尔计划的贷款主要用于资助中小企业

直到1971年6月，联邦德国政府终于以分期形式向美国偿还完毕了最后一笔援助债务

与其它国家不同的是，用于偿还债务的资金并不来自于本国的欧洲复兴计划基金，而是由联邦德国中央政府预算专门拨款

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