同济大学学报（医学版）荣誉表彰《同济大学学报（医学版）》曾获得首届《中国学术期刊（光盘版）检索与评价数据规范》执行优秀奖
2004年，在全国高校优秀科技期刊评比中获得优秀出版质量奖
2011年，获得上海市期刊优秀编校质量奖
2013年，获得上海市高校科技期刊优秀奖
2014年，获得华东地区高等院校自然科学学报协会优秀论文二等奖
2018年5月，获得第三届上海市高校优秀科技期刊奖；同年11月，获得中国高校优秀科技期刊
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