南海深部计划研究内容以“构建边缘海的生命史”为主题的“南海深部计划”，从深海盆演化、深海沉积、生物地球化学过程三个方面开展研究
在海盆演化方面，利用现代技术重新测定南海磁异常条带，探测深部结构，争取钻探大洋壳，系统研究火山链；在深海沉积方面，观测现代深部海流和海底沉积过程，实现深海过程研究的古今衔接，从深海沉积中提取边缘海古海洋学演变的信息；在生物地球化学方面，采用包括深潜探测在内的各种手段，认识海底溢出流体与井下流体的分布与影响，揭示微型生物在深海碳循环中的作用
中科院院士、“南海深部计划”指导专家组组长汪品先把这3个方面比喻为南海“生命史”里的“骨”、“肉”和“血”
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