吴南轩遭受抨击吴南轩在清华的所作所为受到舆论及报纸的抨击，斥他玷污学界清白，有损国家尊严
南京政府派教育部次长钱昌照前往调查，拟让吴先返校，再辞职，也为学生会所拒绝
在学生会和教授会的共同努力下，吴南轩于6月25日离开北平南下
7月7日，南京教育部以吴南轩“暑病时侵，亟宜调养”为托词，批准其离校“调摄病体”
托辞有病，呈请辞职，这本是为了顾全面子而找的借口，但他原来任职的中央政治学校区党部却大扫他的面子，发出快邮代电，指责他“身为党员，竟入东交民巷，寄迹帝国主义治下，伤国辱党，莫此为甚
”吴南轩的失策是自恃奉“党国命”，扬言要恪遵蒋介石意旨来整顿清华
对民主气氛浓厚的清华，打这样的官腔，先不必行动，就会引起师生的反感
他如能通过教授会，共商校务，是完全可以达到和衷共济的
尤其失当的是，不顾国格，竟跑到东交民巷去挂牌办公，致遭舆论和中央政校区党部指责
他虽见拒于清华师生，却见许于国民党当局，故返宁后，仍得任中央政治会议特务秘书、中央大学教授、中央政治学校讲师等职
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