郑从谠出镇河东当时，沙陀强盛，李国昌、李克用父子占据云朔等州，屡次南侵
而河东军内部也矛盾重重，兵变频发
窦濣、李侃、李蔚相继以重臣出镇，但都难以遏制
广明元年（880年），河东节度使康传圭死于兵变
唐僖宗欲让宰相督镇河东，便任命郑从谠为检校司空、太原尹、北都留守、河东节度使、行营招讨使，并保留其同平章事之职，允许他自择参佐
郑从谠到河东后，征辟大批名士，任命王调为副使、刘崇龟为节度判官、赵崇为观察判官、刘崇鲁为推官、李渥为掌书记、崔泽为支使，组成强大的幕僚团，被时人称为“小朝廷”
他虽外表温和，但却多谋善断，诛杀谋划兵变者，安抚余众
对于参加兵变的都虞候张彦球，郑从谠认为其忠勇可用，不但不加治罪，还将兵权交付给他
同年十二月，黄巢起义军进犯长安，唐僖宗出逃，并传诏给郑从谠，让他将兵马交付北面招讨副使诸葛爽，南下勤王
中和元年（881年），郑从谠又被加封为侍中、行营招讨使
他接诏后涕泗不止，当即命牙将论安、后院军使朱玫统领五千兵马，随诸葛爽入关平叛
五月，李克用乘河东空虚，突然率军掩至太原，自称奉诏入关
郑从谠知道他不怀好意，遂闭城戒备，并登上城楼，勉励李克用，让他报国建功
李克用词穷而退，暗中却指使部将大肆劫掠
郑从谠命部将王蟾、薛威出击，在契苾部援军的帮助下，将沙陀军击败
不久，论安擅自撤军而回
郑从谠大怒，集合各部将校，当众斩杀论安
中和二年（882年），唐僖宗命振武节度使契苾璋征讨李克用，并让郑从谠协助作战
十一月，朝廷赦免李克用之罪，让他出兵征讨黄巢，立功赎罪
李克用命大军绕道岚州、石州一带，沿黄河南下，自己则率数百骑前往太原与郑从谠话别，郑从谠则赠以名马、器币
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