韦昭度遇害封赠景福二年（893年），宰相杜让能遇害，以韦昭度为司徒、门下侍郎、同平章事，并进封太傅
不久，邠宁节度使王行瑜求取尚书令之职
韦昭度奏道：“太宗皇帝曾任尚书令，此后臣子无人得授此职
汾阳王郭子仪建有大功，尚且不肯接受，何况王行瑜
”唐昭宗遂加封王行瑜为尚父
乾宁二年（895年），李磎拜相
崔昭纬暗中挑拨，对王行瑜道：“韦昭度前番不让您担任尚书令，如今又引荐李磎为相，这是要蛊惑圣听，恐怕对您不利
”王行瑜便联合凤翔节度使李茂贞，多次上表皇帝，要求罢免李磎、韦昭度
唐昭宗只得将李磎罢为太子少师，令韦昭度以太保之职致仕
同年五月，王行瑜、李茂贞联合华商节度使韩建，进犯京师，称韦昭度伐蜀失谋，请求将其贬黜
唐昭宗尚未批复，王行瑜便将韦昭度杀死在都亭驿
唐昭宗无奈，只得下诏承认韦昭度的罪行
十一月，王行瑜兵败被杀
唐昭宗遂恢复韦昭度的官爵，让他的家属将其收殓安葬，又追赠他为太尉
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