汪由敦染病去世乾隆二十三年(1758)戊寅正月初四日，汪由敦侍驾至圆明园，初八日值班，次日凌晨倍感疲倦，便假寐了一会儿，醒来自觉中了风寒，翌日便呕吐不止

乾隆帝知悉后即传旨“勿要随侍，善自调养”，并派御医上药侍候；十四日，皇上从城内回圆明园，听傅相国奏报由敦病情加剧，既惊又惜，急遣太医院堂官孙埏柱前往诊视，下令御药房速给参药，并嘱咐要什么给什么；尽管军国重务缠身，每日仍派人问疾三、四次，赐消化食物一、二次

十八日，太医起奏汪由敦病危，乾隆帝又特遣内侍总管前去慰谕，并赐陀罗被一床；同时传旨给汪承沆先不要让其父知晓，到万一不行时再用它入殓

二十日后就不再进汤药，迷糊中还总是念叨着军国大事，到了半夜，忽闻逆贼阿睦尔撒纳已死，俄罗斯方面还将其尸体奉献给大清的消息，汪由敦欣喜若狂，在床褥上连连顿首说：“得及闻此信，臣无恨矣”

弥留之际还呼承沆帮忙进衣履想起来谢恩，实在起不了，便口授遗疏大意

二十二日申时，汪由敦寂然而逝

乾隆闻讯急忙驾到，汪承沆惊惶无措，急捧恩赐陀罗被盖在父亲身上

皇上一入门就大哭失声，并亲揭陀罗被，审视良久，西向坐三奠茶醊

君对臣行如此大礼，使在场者格外悲痛不已

乾隆还宫即降谕旨，拨内府银二千两厚葬汪由敦，并加赠太子太师，赐谥文端，入祀贤良祠

又以由敦擅长书法而命馆臣集其书为《时晴斋法帖》十卷，勒石皇宫之中

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