铁保革职流放嘉庆九年（1804年）三月，漕运畅通，铁保加太子少保
很快因为运河水浅漕运不利，被革职留任
嘉庆十年（1805年），升授为两江总督，朝廷命他审问安徽寿州的武举人张大有因为事故下毒害死家族里的侄子的事件，苏州知府周锷受贿轻纵，还有初彭龄当时做为安徽巡抚，查实事情缘由严格执法
铁保被连坐，被剥夺了官衔，降为二品顶戴，很快又官复原职
嘉庆十二年（1807年），填报上疏请求八旗兵用米代替俸禄折发钱钞，朝廷下诏训斥他擅自修改规定，革职留任
他先后上疏讨论治河的事务，请求改建王营削减堤坝，修筑挡水的堤坝、山盱堤后的土坡和河岸大堤，修复云梯关外海口，朝廷派遣大臣商议他的建议，并采纳了他的建议然后施行
嘉庆十四年（1809年），发生山阳知县王伸汉冒赈，酖杀委员李毓昌事件，铁保遭到免职，流放新疆
回京后升为礼部、吏部尚书
林清事变时，由于极力追查通匪太监，又被革职，流放吉林
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