中国科学院自然科学史研究所人员编制截至2012年底，自然科学史研究所共有在职职工120人，研究员中有中国科学院院士1人、国际科学史研究院院士3人、国际欧亚科学院院士1人

 中国科学院院士：席泽宗中国科学院百人计划：孙小淳、方在庆名誉教授：杨振宁、山田庆儿、黄一农、常青、Yury Baturin、Yung Sik Kim、Jürgen Renn、Eberhard Knobloch、Christopher Cullen 国际访问学者：Tatiana Y. Feklova、Per Högselius、Karine Chemla、Iwo Amelung、Diana Saveleva、Bruno Belhoste 研究人员姓名主要研究方向常佩雨中国科学院院史陈朴近现代技术史、航天史、技术经济陈巍技术史、数学史陈晓珊中国古代科技史、地理史陈悦中西科技交流史、力学史杜新豪农学史、环境史樊小龙牛顿研究，科学革命方一兵冶金史，近现代技术史，比较科技史方在庆科学史、科学哲学、科学社会学高山物理学哲学，物理学史高璐STS，技术的社会史与科技政策关晓武技术史与科技考古郭金海中国近现代数学史、中国近现代科学社会史、中国科学院院史郭园园古代阿拉伯数学史韩健平中国古代医学史韩毅中国医学史，人和动物的疾病防治史，药物学史，医学社会史，科学技术史文献学等韩琦中国科学史(明清数学史、明清天文学史、中国印刷史、科学社会史)；明清史（中外科技、文化关系史，特别是中法、中英关系史，东亚科学交流史）；明清天主教史

郝刘祥科学文化何涓中国炼丹术，十九世纪末二十世纪初的中文化学名词胡维佳中国科学技术史；中国科技政策史；科技战略胡晓菁中国近现代科学史；地学史黄荣光日本社会经济史 日本传统工艺保护政策李昂生物学史李劲松中国古代化学史、教育史等李亮天文学史李萌科技政策、科技战略廖育群医学史刘辉纺织史刘金岩物理学史刘亮中国近现代科技史、农业史刘晓中国近现代科学史，法国科学与文化刘洋中国近现代科技史、口述史刘益东科技发展战略、科技史、科技与社会鲁大龙物理学史罗桂环生物学史、环境保护史罗兴波科技社团史、中国近现代科技史、科学社会学马敏敏环境考古宁晓玉天文学史苏荣誉技术史、金属史、冶金考古学、考古科学、文物保护科学技术艺术史、技术社会经济史苏湛物理学史、自然科学中的哲学问题、STS；近期的主要工作集中在对James Clerk Maxwell及19世纪中叶英国电磁学史的研究上孙承晟明清科学史、中西科学交流史孙烈技术史、中外科技发展比较；关注技术转移、技术创新、工业化与现代化孙小淳天文学史， 科学史，科学史与科学社会学田淼数学史汪前进主要从事地图学史、中外科技交流史、中国科学思想史、中国科技通史和科技宏观发展战略等方面的研究工作王斌中国近现代技术史王广超中国天文学史王丽娜灾荒史、科学社会史王彦雨科技战略、STS王扬宗中国近现代科学史，中国科学院院史王勇忠中国近现代科学史、中国科学院院史魏毅历史地理学、藏学熊卫民中国近现代科学社会史、生物学史、教育史；口述历史徐丁丁生物学史徐凤先天文学史 考古天文学颜宜葳医学社会史、中国近代生物学史、中美医学交流史杨丽凡中国古代造船技术、中国古代海上交通与交流、中外造船技术交流、中国科技规划与战略研究姚大志西方科技史、技术哲学姚立澄物理学史袁江洋西方科学史；科学哲学；科学史理论曾雄生农学史张柏春技术史与力学史；知识传播史与比较史；科技发展战略

张卜天西方中世纪和近代早期科学思想史，科学革命，特别关注现代性的起源，科学与哲学、神学的关系张佳静中国近现代科技史张九辰地学史张明悟科技考古张志会中国科学院院史；科技评估政策史；技术和工程哲学、张藜中国现代科学社会史、近现代化学史赵翰生中国古代纺织史及技术赵振江数学史、科技战略郑诚明清史、军事技术史郑术道家养生史、中西人体观交流史、东西方心理学交流史周文丽古代科技史、冶金史邹大海中国数学史，中国传统科学思想史 

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