中国农业工程学会组织机构下设11个专业委员会，其研究内容分别涉及农业土地利用工程,农村能源工程,农业机械化与电气化，农业建筑,畜牧工程,植物环境工程，农业物料加工工程，农业工程技术经济,农业系统工程,农业遥感和电子技术与计算机技术在农业上的应用等
此外，尚有农业工程教育与科普、农业工程学报、农业工程咨询、农业工程情报总网 4个工作委员会
在常务理事会下设有由秘书长和副秘书长领导的秘书处，办理日常事务
中国农业工程学会现有24个分支机构，设有学术交流、国际交流、科学普及、咨询及青年科技5个工作委员会；电子技术与计算机应用、农业遥感、农业机械化电气化、农业工程经济与管理、设施园艺工程、教育、田间育种试验机械化、农村能源工程、农产品加工与贮藏工程、农业系统工程、农业工程情报信息、畜牧工程、农业水土工程、农村建筑与环境工程、土地利用工程、山区资源综合开发利用、特种水产工程、蓖麻经济技术、《农业工程学报》委员会等19个专业委员会、分会，拥有近万名会员
全国有23个省、自治区、直辖市设立了农业工程学会
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