炎症性肠病鉴别诊断慢性细菌性痢疾：常有急性细菌性痢疾史，粪便检查可分离出痢疾杆菌，结肠镜检查取黏液脓性分泌物培养的阳性率较高，抗菌治疗有效

阿米巴肠炎：主要侵袭右结肠，也可累及左侧结肠，结肠溃疡较深，边缘潜行，溃疡间黏膜多正常，粪检多可找到阿米巴滋养体包囊，抗阿米巴治疗有效

血吸虫病：有疫水接触史，常有肝脾大，粪检查可发现血吸虫卵，孵化毛蚴阳性

直肠镜检查在急性期可见黏膜黄褐色颗粒，活检黏膜压片或组织病检可发现血吸虫卵

大肠癌：见于中年以后，经直肠指检可触及肿块，结肠镜及X线钡剂灌肠检查对诊断有价值

肠易激综合征(IBS)：粪便有黏液但无脓血，显微镜检正常或仅见少量白细胞，结肠镜检查无器质性病变证据

其他肠结核：肠结核病变主要涉及回盲部，有时累及临近结肠，但不呈节段分布，瘘管及肛门直肠周围病变少见；结核菌素试验阳性

小肠恶性淋巴瘤：原发性小肠恶性淋巴瘤往往长时间内局限在小肠和（或）邻近肠系膜淋巴结，部分患者肿瘤可呈多灶性分布，如X线检查见小肠和结肠同时受累、节段性分布、裂隙状溃疡、鹅卵石征、瘘管形成等有利于克罗恩病诊断；若检查见一肠段内广泛侵袭，呈较大的压指痕或充盈缺损，B超或CT检查肠壁明显增厚，腹腔淋巴结肿大较多支持小肠恶性淋巴瘤诊断，必要时可手术探查

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