蛋白质组研究没有标尺的度量不同生物的基因组大小有着很大的差别

例如芽殖酵母基因组有1200万碱基对，而人类基因组则为32亿碱基对

基因组不论大小，其核苷酸的数量总是很明确的

然而，对蛋白质组来说，蛋白质的种类究竟有多少就很难说了

上面说过，蛋白质组可以被定义为基因组的基因表达的所有蛋白质，但这一定义没有考虑蛋白质的化学修饰

细胞内的大部分蛋白质通常在合成结束后，都被进行过化学基团的修饰，如磷酸化、糖基化、酰基化等等

修饰过的蛋白质的物理化学性质和生物学功能，均不同于未修饰的蛋白质

如果把一个修饰蛋白视为一种新的蛋白质，那么蛋白质组的蛋白质数量，将远远大于相应的基因组的基因数量

在这个意义上，人们估计人类蛋白质组的蛋白质种类大约在20万到200万之间

显而易见，蛋白质组蛋白质数量的估计是非常模糊的

从蛋白质修饰的角度来看，不仅仅是蛋白质种类大大增加，更重要的是，由于不存在度量修饰蛋白质种类的尺度，人们也许永远不能像确定基因组核苷酸序列那样，准确地统计出生物体内蛋白质组的蛋白质总数

如果说表达产生的蛋白质种类可以根据基因的数目来确定，那么修饰形成的蛋白质种类只有依靠对蛋白质的直接研究来判定

生命是一个永远处于变化中的开放系统

既然蛋白质的修饰和生命活动密切相关，因而这种研究是没有止境的

从这种意义上来说，对基因组核苷酸序列的测定是一种“有限”的工作，而对蛋白质组蛋白质种类的确定则是一种“无限”的工作

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