国家海洋局内设机构根据《国务院办公厅关于印发国家海洋局主要职责内设机构和人员编制规定的通知》（国办发〔2013〕52号），国家海洋局设11个内设机构（副司局级）：（一）办公室

负责文电、会务、机要、保密、档案、信息化、督查、安全保卫等机关日常运转工作，承担政务信息和新闻发布工作，起草重要文稿

（二）战略规划与经济司

组织起草并监督实施海洋发展战略以及海洋事业发展、海洋主体功能区等规划，推动完善海洋事务统筹规划和综合协调机制，掌握分析海洋经济发展形势、存在问题并提出完善制度机制和改进工作的建议

承担国家海洋委员会办公室日常工作

（三）政策法制与岛屿权益司

组织起草法律法规、规章草案

组织开展海岛自然资源调查评估，组织建立海岛统计调查制度和管理信息系统，发布海岛统计调查公报，严格依照法律法规规定的条件和程序办理无居民海岛使用行政许可并承担相应责任

承担规范性文件的合法性审核工作，承担行政执法监督、行政复议和行政应诉工作

（四）海警司（海警司令部、中国海警指挥中心）

组织起草海洋维权执法的制度和措施，拟订执法规范和流程，承担统一指挥调度海警队伍开展海上维权执法活动具体工作，组织编制并实施海警业务建设规划、计划，组织开展海警队伍业务训练等工作

（五）生态环境保护司

掌握分析海洋生态环境保护情况、存在的问题并提出完善制度机制和改进工作的建议，严格依照法律法规规定的条件和程序办理海洋环境保护行政许可并承担相应责任

依法监督陆源污染物排海，组织起草海洋自然保护区和特别保护区管理制度和技术规范并监督实施，完善海洋生态补偿制度，组织开展海洋生物多样性保护工作，组织实施重大海洋生态修复工程

（六）海域综合管理司

掌握分析海域使用情况、存在的问题并提出完善制度机制和改进工作的建议，严格依照法律法规规定的条件和程序办理海域使用行政许可并承担相应责任

组织起草海域使用政策与技术规范，承担海域动态监控工作，组织开展海岸线和沿海省际间海域界线勘定工作

（七）预报减灾司

组织起草海洋观测、预报和评价的管理办法并监督实施，建设海洋环境安全保障体系

推动建立海洋防灾减灾制度机制，组织编制海洋灾害应急预案，指导协调地方海洋防灾减灾工作，参与重大海洋灾害应急处置

（八）科学技术司

组织起草海洋科技发展规划、技术标准、计量、规范并监督实施，组织开展海洋基础调查、综合调查、专项调查以及海洋科学技术研究与应用，推动海水利用和海洋可再生能源开发利用工作，承担数字海洋建设和海洋领域卫星应用相关工作

（九）国际合作司（港澳台办公室）

组织开展海洋领域的国际交流与合作，以及与港澳台地区的交流与合作

严格依照法律法规规定的条件和程序办理海洋涉外科学研究行政许可并承担相应责任

参与涉外海洋事务谈判与磋商，组织履行相关国际海洋公约、条约和协定

（十）人事司（海警政治部）

承担机关和直属单位的人事管理、机构编制、教育培训工作，拟订海洋人才队伍建设规划和政策

组织起草海警队伍党的组织建设、干部队伍建设的政策规定，指导开展思想政治工作，承担海警队伍干部考核、任免等工作

（十一）财务装备司（海警后勤装备部）

承担机关和直属单位预决算、财务、国有资产管理

起草并组织实施海警队伍基建、装备和后勤建设的规划、计划，拟订经费、物资、装备标准及管理制度，组织实施装备物资采购

机关党委

负责机关和直属单位的党群工作

离退休干部局

负责机关离退休干部工作，指导直属单位离退休干部工作

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