蚌埠医学院学科建设截至2018年9月，有基础医学、临床医学、护理学、生物学、医学技术、药学6个一级学科硕士学位授权点和临床医学、口腔医学、公共卫生、护理、药学5个硕士专业学位授权类别，36个二级学科授权点，临床医学学科进入美国基本科学指标（ESI）全球排名前1%
2022年2月，学校新增儿科学专业
省级重点学科：病原生物学、外科学（骨外）、骨科、血管外科、整形外科、肺科省级特色专科：风湿性免疫疾病科等校级重点学科：微生物学、病理学、药理学、外科学（骨外）、内科学（呼吸）、生理学、医学寄生虫学、人体解剖学、免疫学、生物化学与分子生物学、药剂学、基础护理学、营养与食品卫生学、放射诊断学、医学伦理学、肝胆外科学、胸心外科学、胃肠外科学、心血管病学、内分泌学、康复医学、整形外科学、外科学（泌尿外科）校级重点扶持学科：血液内科学、肾内科学、传染病学、普通外科学、外科学（骨外）、康复医学
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