南京医科大学院系专业截至2022年2月，学校设有19个学院，开设25个本科专业，2个本硕博一贯制专业方向、3个“5+3”本硕一体化专业方向

 学院设置南京医科大学基础医学院南京医科大学公共卫生学院南京医科大学口腔医学院（南京医科大学附属口腔医院）南京医科大学药学院南京医科大学护理学院南京医科大学医政学院南京医科大学国际教育学院南京医科大学康复医学院南京医科大学外国语学院南京医科大学继续教育学院南京医科大学康达学院（独立学院）南京医科大学第一临床医学院南京医科大学第二临床医学院南京医科大学第三临床医学院南京医科大学第四临床医学院南京医科大学鼓楼临床医学院南京医科大学青岛临床医学院南京医科大学上海十院临床医学院南京医科大学连云港临床医学院南京医科大学无锡临床医学院南京医科大学金陵临床医学院南京医科大学上海东方临床医学院南京医科大学儿科学院资料来源：  专业设置五年制预防医学、五年制医学影像学、五年制临床医学、五年制临床医学（儿科医学）、五年制临床药学、五年制口腔医学、五年制基础医学、四年制应用统计学（生物统计学）、四年制英语、四年制医学检验技术、四年制药学、四年制眼视光学、四年制卫生检验与检疫、四年制生物医学工程、四年制生物信息学、四年制康复治疗学、四年制护理学、四年制公共事业管理（医药贸易与管理）、儿科学 、四年制公共事业管理（卫生事业管理）、七年制临床医学、七年制临床医学（影像医学与核医学）、七年制临床医学（临床病理诊断学）、七年制临床医学（儿科医学）、七年制口腔医学、六年制公共事业管理（卫生事业管理与法学）、六年制法医学（医学司法鉴定）附属医院截至2019年7月，学校拥有26所附属医院和50多所教学医院

 附属医院详情南京医科大学第一附属医院（江苏省人民医院）南京医科大学第二附属医院（南医大二附院）南京医科大学附属逸夫医院南京医科大学第四附属医院（南京市浦口医院）南京医科大学附属南京儿童医院南京医科大学附属口腔医院南京医科大学附属老年医院（江苏省老年医院）南京医科大学附属眼科医院南京医科大学附属南京医院（南京市第一医院）南京医科大学附属南京脑科医院南京医科大学附属南京妇幼保健院南京医科大学附属江苏省肿瘤医院南京医科大学附属江宁医院南京医科大学附属明基医院南京医科大学附属苏州医院南京医科大学附属无锡市人民医院南京医科大学附属无锡市第二人民医院南京医科大学附属无锡市妇幼保健院南京医科大学附属无锡市精神卫生中心南京医科大学附属常州市第二人民医院南京医科大学附属常州市妇幼保健院南京医科大学附属淮安市第一人民医院南京医科大学附属上海松江中心医院南京医科大学附属杭州医院宿迁市第一人民医院(南京医科大学附属宿迁第一医院)

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