南京医科大学学科建设截至2022年2月，学校有一级学科博士学位授权点8个、二级学科博士学位授权点54个、交叉学科博士学位授权点5个、专业博士学位授权点2个；一级学科硕士学位授权点11个、二级学科硕士学位授权点65个；博士后科研流动站6个，学位授权点覆盖医学、理学、工学、管理学、法学、教育学和文学7个学科门类；拥有国家重点学科3个、国家重点（培育）学科1个、国家临床重点专科29个、江苏高校优势学科（三期）6个

在全国第四轮学科评估中，公共卫生与预防医学获评A+等级，临床医学、基础医学、口腔医学、护理学获评B+等级，药学获评B等级；9个学科位列ESI全球排名前1%，其中，临床医学学科、药理学与毒理学学科位列ESI全球排名前1‰

 国家重点学科内科学、劳动卫生与环境卫生学、药理学 国家重点（培育）学科病理学与病理生理学江苏省一级学科重点学科基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、药学 博士后科研流动站临床医学、基础医学、公共卫生与预防医学、口腔医学、药学、特种医学、生物学 一级学科博士点 生物学、基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、医学技术、护理学一级学科硕士点 心理学、生物学、生物医学工程、基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、中医学、药学、医学技术、护理学、公共管理2012年教育部学科评估在教育部2012年第三次学科评估中，南京医科大学共有5个一级学科参评，结果如下： 学科代码学科名称全国排名1004公共卫生与预防医学31003口腔医学61001基础医学71011护理学81002临床医学18

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