中国科学院重庆绿色智能技术研究院研究部门据2017年8月研究院官网显示，重庆研究院下设电子信息技术、智能制造技术、三峡生态环境3个研究所

 拥有3个重庆市工程技术研究中心、1个国务院三峡办监测中心、1个中国科学院重点实验室、3个重庆市重点实验室、1个重庆市协同创新中心，建有2个野外基站

 重庆市工程技术研究中心：重庆市智能视频分析工程技术研究中心、重庆市3D打印应用工程技术研究中心、重庆市三峡库区水质保障工程技术研究中心 国务院三峡办监测中心：国务院三峡办三峡工程生态与环境监测系统在线监测中心 中国科学院重点实验室：中国科学院水库水环境重点实验室 重庆市重点实验室：大数据与智能计算重庆市重点实验室、智能增材制造技术与系统重庆市重点实验室、自动推理与认知重庆市重点实验室 重庆市协同创新中心：重庆市人脸识别产业技术协同创新中心 野外基站：三峡次生湿地生态研究站、永川垃圾渗滤液达标排放技术示范基地 研究所研究中心电子信息技术研究所智能安全技术研究中心自动推理与认知研究中心量子信息技术研究中心高性能计算应用研究中心大数据挖掘及应用中心北斗导航工程中心三峡生态环境研究所水质生物转化研究中心环境微生物与生态研究中心水污染过程与治理研究中心生态过程与重建研究中心膜技术及应用工程中心环境友好化学过程研究中心环境与健康研究中心大气环境研究中心智能制造技术研究所太赫兹技术研究中心机器人技术研究中心表面功能材料及工程研发中心机器人与3D打印技术创新中心智能神经机械电子研究中心智能工业设计中心微纳制造与系统集成研究中心精准医疗单分子诊断技术研究中心 

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