中国科学院古脊椎动物与古人类研究所科研部门据2015年10月研究所官网信息显示，中国科学院古脊椎动物与古人类研究所是中国唯一专门从事古脊椎动物学、古人类学及相关生物地层学研究的学术机构，设有四个研究室、一个研究中心和一个开放实验室（中国科学院重点实验室）
所级研究室（4个）：古低等脊椎动物研究室、古哺乳动物研究室、古人类及旧石器研究室、环境演化研究室 所级研究中心（1个）：周口店古人类研究中心 中国科学院重点实验室（1个）：中国科学院脊椎动物演化与人类起源重点实验室
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