中国科学院上海高等研究院科研部门据2017年1月研究院官网显示，研究院建成交叉前沿与先进制造技术研究部、信息与电子技术研究部、空间与海洋研究部、能源与环境技术研究部、健康科学与技术研究部5个研究部
研究领域研究中心/实验室交叉前沿与先进制造技术研究部宏观量子现象与应用研究中心 信息与电子技术研究部中科院微系统研究与发展中心新媒体无线技术研究中心城市公共安全研究中心微纳器件研究中心服务科学研究中心薄膜光电工程技术研究中心 空间与海洋研究部上海微小卫星工程中心 能源与环境技术研究部中国科学院清洁能源技术发展中心清洁动力技术研究中心低碳转化科学与工程中心（中国科学院低碳转化科学与工程重点实验室）可持续技术研究中心能量储存与转化研究中心清洁能源与材料中心温室气体与环境工程研究中心碳数据与碳评估研究中心 健康科学与技术研究部干细胞与纳米医学研究中心系统生物学实验室高端医学影像技术研究中心中国科学院上海高等研究院-德雷塞尔大学联合中心新药创制实验室
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