中国科学院上海药物研究所学术期刊《Acta pharmacologica Sinica》《Acta pharmacologica Sinica》（《中国药理学报》）创刊于2000年，月刊， 被PubMed收录， 被SCI收录，其研究领域为：药理学
是中国药理学及药学领域唯一被收录至科学引文索引（SCI） 的学术期刊，其影响因子（if） 为2.468
《Asian Journal of Andrology》《Asian Journal of Andrology》（《亚洲男科学杂志》）创刊年于1999年，是中国重要的洲际学会国际性会刊，影响因子为2.530，在国际男科学领域期刊排名第三，在国内临床医学领域SCI期刊榜排名第一
此外，研究所还主办科普杂志《家庭用药》
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