中国农业科学院蔬菜花卉研究所科研部门据2017年5月研究所官网显示，研究所下设10个研究室、2个农业部重点实验室、1个国家工程实验室，另有中国园艺学会挂靠
研究所研究室：种质资源研究室、十字花科研究室、茄科研究室、葫芦科研究室、栽培与采后技术研究室、植物保护研究室、生物技术研究室、花卉研究室、马铃薯研究室、质量安全与检测技术研究室
农业部重点实验室：农业部园艺作物生物学与种质创制综合性重点实验室、农业部薯类作物生物学与遗传育种重点实验室 国家工程实验室：作物细胞育种国家工程实验室
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