中国农业科学院柑桔研究所科研部门截至2016年3月，中国农业科学院柑桔研究所有国家级研究中心6个，部级研究中心2个，重庆市级研究中心2个，重庆市级重点实验室2个，重庆市级重点实验室2个，部级重点实验室2个，中国农科院级重点实验室1个
国家级研究中心（6个）：国家柑桔工程技术研究中心、国家柑桔品种改良中心、国家柑桔苗木脱毒中心、国家果树种质重庆柑桔圃、国家柑桔加工技术研发分中心、国家柑桔野外观测台站 部级研究中心（2个）：农业部柑桔及苗木质量监督检验测试中心、柑桔教育部工程研究中心重庆市级研究中心（2个）：重庆市柑桔危险性有害生物检测鉴定中心、重庆市柑桔工程技术研究中心 重庆市级重点实验室（2个）：柑桔学重庆市市级重点实验室、重庆市植物病害生物学重点实验室部级重点实验室（2个）：农业部柑桔病虫害防控功能研究室、农业部柑桔栽培与耕作功能研究室中国农科院级重点实验室（1个）：中国农业科学院柑桔学重点开放实验室 创新平台国家级：国家柑桔工程技术研究中心、国家柑桔苗木脱毒中心、国家柑桔品种改良中心 农业部级：农业部西南果树实验站
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