中国农业科学院棉花研究所教学建设截至2013年12月，中国农业科学院棉花研究所有硕士生导师45人、博士生导师9人
2007年研究所在中国农科院研究生院的牵头下，建立了博士后流动站
研究所从1983年招收第一批硕士研究生，截至到2013年共招收在籍硕士研究生274名；1999年开始博士研究生招生，截至2013年共招收在籍博士64名，还接收了17名中国以外的留学生来所攻读博士、硕士学位
除此之外每年还从华中农业大学、南京农业大学、西北农林大学和河南大学等多所高校招收客座研究生
研究所与华中农业大学、南京农业大学、河北农业大学、新疆农业大学等教学单位达成联合培养研究生的协议
同时研究所与美国新墨西哥州州立大学、阿肯色大学等签订了联合培养协议，并聘请外籍教授为该所的客座教授
2007年开始招收农业推广专业硕士
2015年9月6日，研究所杨作仁博士学位论文“棉花T-DNA激活标签突变体pag1分子机制的研究与应用”被评为2014年度中国农业科学院优秀博士论文
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