中国农业科学院蔬菜花卉研究所建所初期1958年9月22日，由中国农业科学院建议，经国务院规划委员会批复（科字第278号文）、中央农业部党组和北京市人民政府批准，成立中国农业科学院蔬菜研究所
成立初，蔬菜所以蔬菜研究室和北京市农林局国营彰化农场为基础，受中国农业科学院和北京市农业科学院双重领导，但以北京市农业科学院为主，对外挂二块牌子，即中国农业科学院蔬菜研究所和北京市农业科学院蔬菜研究所，所址在北京市海淀区彰化村，当时未任命所长
在机构设置上，设有行政办公室、技术办公室和试验农场
1959年，全所职工195人，其中科技人员25人，行政人员8人，工人162人
来自原华北所人员19人，其中科技人员13人
行政管理人员1人，工人5人
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