中国农业科学院柑桔研究所设备资源设施设备截至2015年5月，中国农业科学院柑桔研究所有等离子发射光谱质谱仪、紫外分光光度计、原子吸收分光光度计、离子色谱、氨基酸分析仪、液相色谱、气相色谱、液相（气相）色谱-质谱联用仪等仪器设备
馆藏资源截至2011年7月，中国农业科学院柑桔研究所依托西南大学馆藏资源，藏书438万余册，涵盖社会科学和自然科学多学科、多专业领域；拥有磁盘阵列32.2TB；拥有Web of Science、CNKI、Elsevier、 SDOS等中外文数据库以及重点学科专家论文库等数据库61个
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