中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所研究成果合并前两所的科研成果1953—1998年间，原中国科学院上海植物生理研究所共获得各类奖91项，包括：中国国家发明一等奖1项、三等奖2项，国家自然科学二等奖4项、三等奖1项、四等奖1项，国家科学进步三等奖1项，全国科学大会奖7项，中科院一等奖9项、二等奖20项、三等奖19项、四等奖5项、五等奖2项，省、市、自治区和部委一等奖2项，二等奖4项，三等奖13项

原中国科学院上海昆虫研究所历年来共获得科研奖项67项，其中获国家级一等奖2项、二等奖4项

 原中国科学院上海植物生理研究所部分科研成果奖励成果名称颁发日期所获奖项植物生长调节剂--乙烯利的合成及利用1978全国科学大会奖固氮酶结构与功能的研究1978全国科学大会奖光合磷酸化的研究1978全国科学大会奖高活力纤维分解菌及纤维书素酶的应用1978全国科学大会奖催化电子理论在光合作用中的应用-以无机半导体代替叶绿体在光下还原辅酶II和合成“腺三磷”1978全国科学大会奖石油发酵二亢酸--人工合成麝香酮成功1978全国科学大会奖光合磷酸化高能态的发现及其有关机理的研究1982全国自然科学奖二等奖植物的细胞间联络与细胞内含物的再分配1982全国自然科学奖二等奖橡胶树在北纬18-24度大面积种植技术1982国家发明奖一等奖正烷烃发酵生产十五碳二亢酸及其它单一长链二亢酸新工艺1983国家发明奖三等奖二氧化碳对植物的伤害机理1984全国环境科技成果奖大气污染伤害植物症状图谱1984全国环境科技成果奖林木、果树及花卉的快速繁殖及育种新技术1986“六五”国家技术攻关表彰奖励三江平原综合开发1986“六五”国家技术攻关表彰奖励植物基因工程-载体和受体系统的研究1986“六五”国家技术攻关表彰奖励植物细胞突变体的诱变：筛选及育种的研究1986“六五”国家技术攻关表彰奖励坛紫菜营养细胞育苗和养殖的研究(协作)1987国家科学技术进步奖三等奖细菌转座子的研究1988国家自然科学奖四等奖固氮基因的结构与调节1988国家自然科学奖二等奖氮化合物在力复酶素和井岗霉素生物合成中的调控1988国家自然科学奖二等奖高等植物对城市污水的净化效应1989国家科技进步奖二等奖主要原生质体再生植株1991国家自然科学奖三等奖 原中国科学院上海昆虫研究所部分科研成果奖励成果名称颁发日期所获奖项棉红铃虫性引诱剂的合成及其应用于测报的剂型*1980国家发明奖 三等奖防治柞蚕饰腹寄蝇的有效药剂灭蚕蝇一号及灭蚕蝇三号*1981国家发明奖 一等奖农药安全使用标准*1982国家科技进步奖 三等奖有机污染物统一分析方法*1984国家科技进步奖 三等奖京津渤地区环境综合研究*1985国家科技进步奖 二等奖原尾虫系统分类的研究1987国家自然科学奖 二等奖黄浦江污染综合防治规划方案研究*1987国家自然科学奖 一等奖棉虫种群动态及其综合防治研究*1988国家科技进步奖 三等奖农药合理使用准则(一)(二)国家标准GB8321.1-2-87*1990国家科技进步奖 二等奖引进花角蚜小蜂防治松突圆蚧的研究与应用*1995国家科技进步奖 二等奖 合并后植物生理生态研究所科研成果2017年，植物生理生态研究所共发表SCI研究论文150余篇，包括Nature、Science、Nat Genet、Energ Environ Sci、Nat Commun、Mol Cell、Cell Res、PNAS、Dev Cell 、Plant Cell、PLoS Genet等国际学术期刊

2017年，植物生理生态研究所共申请中国发明专利38件，PCT专利6件；申请计算机软件著作权1件；24件中国发明专利获得授权，4件PCT专利获授权

2017年，韩斌院士团队与中科院遗传发育所、农科院水稻所相关团队经十余年合作，合作项目“水稻高产优质性状形成的分子机理及品种设计”获得2017年度国家自然科学奖一等奖（植物生理生态研究所为第二完成单位）；由李家洋、韩斌、钱前团队组成的“水稻分子遗传学团队”团队获得2017年度“求是科技成就集体奖”；由陈晓亚院士领衔的“植物次生代谢与抗虫”项目获得2017年度上海市自然科学一等奖

 上海植物生理生态研究所部分科研成果奖励成果名称颁发日期所获奖项水稻第四号染色体测序及功能分析2007国家自然科学奖二等奖燃煤砷致机体GPA、PTCH基因突变及GSTP1基因多态性的相关性研究（与贵州省遵义医学院一附院合作）2008贵州省科技进步奖三等奖真菌杀虫剂产业化及森林害虫持续控制技术2009国家科学技术进步奖二等奖水稻复杂数量性状的分子遗传调控机理2012国家自然科学奖二等奖水稻重要生理性状的调控机理与分子育种应用基础2014国家自然科学奖二等奖 

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