中国台北足球协会机构设置该会属民间团体，设理事长一人为本会最高负责人，副理事长三人，并设有理、监事会以督导会务之进行，下设秘书处由秘书长统筹管理一切会务，秘书长以下设有副秘书长、秘书、竞赛、裁判、行销、新闻、国际、行政、财务等各组，另设有教练、技术、裁判、纪律、财务、医疗、五人制发展、女子发展等委员会，以协助处理各项会务活动
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